הוועדה המחלקתית מייצגת את המחלקה אל מול בית הספר ללימודים מתקדמים.
בכל מחלקה תוקם ועדה מחלקתית לתארים מתקדמים, ובה לפחות שלושה חברים בדרגת מרצה בכיר ומעלה, שהם בעלי ניסיון בהנחיית סטודנטים לתארים מתקדמים. ראש המחלקה יכול להיות יו"ר הוועדה המחלקתית. הרכב הוועדה, לרבות היו"ר, יובא לאישור בית הספר ללימודים מתקדמים.
בית הספר ללימודים מתקדמים רשאי לאשר ועדה מחלקתית הכוללת פחות משלושה חברים. מומלץ להימנע מהחלפה בו-זמנית של כל חברי הוועדה המחלקתית.
דיון בסטודנטים המונחים על ידי יו"ר הוועדה יעשה בראשות חבר ועדה שאינו מעורב בהנחייה. חבר ועדה זה יאשר ויחתום על הטפסים הנוגעים לסטודנטים אלו.
תפקיד הוועדות המחלקתיות:
הצעת קריטריונים לקבלת סטודנטים למחלקה למסלולים השונים
המלצה על קבלה או דחייה של מועמדים
המלצה לאישור הצעות מחקר, תזות ועבודות דוקטור
המלצה על מינוי מנחים ובוחנים
המלצה על מטלות מסכמות של הלימודים לתואר שני ללא תזה ופיקוח אחר ביצוען
מעקב אחר התקדמות הסטודנטים ופיקוח על עמידתם בלוחות הזמנים
